ドラクエⅣとかは容量の都合上ラスボスを変更してしまった くらいだから使えるキャラを増やそうとしてもストーリーが 更に切り詰めなければならなくなるからカットしたっていうのも ありえるよ
FCの時代からそういうのを主軸にしたゲーム(RPG)があります。やろうと思えば同じ様にFC時代のDQでも出来たのでは?単にアイデアが浮かばなかっただけだと思う。
ハードの機能が追いついてればⅤよりも前から 敵を仲間にするシステムが誕生していたかも?